La CChRGM se divide en dos unidades:

• Laboratorio de procesamiento primario de muestras.
• Laboratorio de conservación.

En estos laboratorios se realiza el proceso de depósito de las cepas, que incluye la recepción del material biológico, las pruebas de viabilidad y pureza post-tratamiento de preservación, y el almacenaje final de las cepas mediante técnicas de preservación tales como criopreservación y liofilización. 

En la CChRGM trabaja personal técnico y profesional con sólidos conocimientos en microbiología, preservación de cepas por congelación y liofilización, identificación molecular, taxonomía microbiana y microscopía.

Las cepas recibidas desde instituciones externas son preservadas en alguna de las categorías de depósito: público, privado o privado para fines de patentamiento, mientras que las internas son preservadas en colecciones de trabajo, correspondientes a colecciones privadas del INIA y que son utilizadas en actividades de investigación y desarrollo en el ámbito agrícola.

Las cepas depositadas en la CChRGM son almacenadas en un  ultra-congelador (-150 °C), y en un tanque de nitrógeno líquido (-190 °C) y por medio de liofilización o secado en frío. En el caso de las cepas de colecciones de trabajo del INIA, se almacenan a -80 °C.